出火事故の影響で特急列車の減便が続いているJR北海道は9月20日、メンテナンス体制の強化に向けたダイヤ改正の詳細を発表した。これまで130km/hだった道内の特急列車の最高速度を引き下げて運転本数も減らす。11月1日から実施する。
札幌～函館間の『スーパー北斗』『北斗』は最高速度を120km/hとし、『スーパー北斗』2往復の運転を取りやめる。運休中の『北斗』4往復も引き続き運休することから当面の定期列車の運転本数は1日5往復となるが、毎日運転の臨時『北斗』2往復と週末や年末年始などに運転する臨時『北斗』2往復がそれぞれ設定される。最速達列車の所要時間は3時間から3時間26分に伸び、平均所要時間も9分増えて3時間30分となる。
札幌～釧路間を結ぶ『スーパーおおぞら』は最高速度を110km/hに引き下げるとともに1往復の運行を取りやめ、1日6往復とする。所要時間は最速達列車が3時間35分から3時間59分となり、平均所要時間も20分増えて4時間11分になる。札幌～帯広間の『スーパーとかち』も時刻を変更するが、運転本数は現在と同じ。所要時間は2時間28～46分となり、現行ダイヤより2～7分伸びる列車がある一方、1～12分短縮される列車もある。
札幌～旭川間では『スーパーカムイ』1往復の運転を取りやめるほか、最高速度を120km/hに引き下げる。改正後の運転本数は1日23往復。所要時間は現行ダイヤより5～9分程度伸びて1時間25～29分になる。札幌～東室蘭間の『すずらん』も最高速度を120km/hに引き下げて所要時間が数分程度伸びるが、運転本数は変更しない。
札幌～稚内間の『サロベツ』は引き続き運休扱いとし、旭川～稚内間の臨時快速列車も運転を継続する。