熊本地震の影響で運転を見合わせている鉄道路線のうち、JR九州の肥薩線と熊本電気鉄道が全線の運転を再開した。これにより、4月24日11時時点の運休区間は2社3線3区間の158.8km（営業距離ベース）となった。
熊本電鉄は、藤崎宮前～北熊本～御代志間の運転を4月18日に再開。残る上熊本～北熊本間は25日の再開が見込まれていたが、当初の想定より早い23日の14時頃に運転を再開した。肥薩線は、八代～吉松～隼人間のうち熊本県側の八代～吉松間で運転の見合わせが続いていたが、24日の初発から運転を再開した。
24日11時時点で運転を見合わせているのは、九州新幹線の熊本～新水俣間75.7km、豊肥本線の肥後大津～豊後竹田間65.4km、南阿蘇鉄道高森線の立野～高森間17.7km。このうち、九州新幹線は4月28日にも全線再開の模様だ。
大規模な土砂災害が発生した豊肥本線は、全線復旧までに相当な時間がかかるとみられる。現在は運転を見合わせている区間のうち、宮地～豊後竹田間で代行バスが運転されている。