西日本を中心とした大雨の影響で、中国・四国・九州地方の一部の鉄道路線で運転の見合わせが続いている。6月30日8時までにまとめた、主な運休路線（熊本地震などによるものを除く）は以下の通り。
JR西日本
呉線 三原～忠海
JR四国
予讃線（海回り） 伊予長浜～伊予大洲
JR九州
鹿児島本線 市来～鹿児島
日豊本線 西都城～鹿児島
肥薩線 吉松～隼人
指宿枕崎線 鹿児島中央～山川
日南線 南郷～志布志
呉線は6月27日、須波～安芸幸崎間で線路脇の山の上部に亀裂が見つかった。同区間を含む三原～忠海間でバスによる代行輸送が行われている。再開のめどはたっていない。一方、土砂流入の影響で6月22日夜から運転を見合わせていた安浦～広間は、6月29日の初発から運転を再開した。
JR四国では、予讃線（海回り）の伊予長浜～伊予出石間で線路内に土砂が流入。同区間を含む伊予長浜～伊予大洲間で運転を見合わせている。現在復旧作業が行われているが、再開のめどはたってない。