ヤマハ発動機は、2009年1月1日付でグローバルに事業競争力を強化するための組織改革を実施すると発表した。
組織改革では、コーポレート部門（本社管理部門）のグローバル化の推進と、各コーポレート部門を束ねる組織として「グローバルコーポレート本部」を新設する。同本部内に、財務統制、リスクマネジメントを主に担う「グループ監理部」も新設する。
従来のブランドマネジメント本部は、経営戦略との一体化を図るため「ブランドマネジメント部」として、同本部内に位置づける。
また、マリン事業の総合的な事業競争力強化のため、「マリン事業本部」を新設する。事業本部内に「ME事業部」、「WV事業部」、「ボート事業部」を設置する。ME事業部内には「原価統括部」、「開発統括部」、「製造統括部」を設置する。
さらに、技術戦略機能の充実と生産技術力の強化を図るため「技術本部」を新設する。同本部内には「研究開発統括部」、「生産技術統括部」を設置する。
MC・RV・AM事業の競争力強化を図るために、国内製造機能を統合するとともに、生産戦略機能を充実させた「生産本部」も新設する。同本部内には「生産戦略統括部」、「BD製造統括部」、「EG製造統括部」を設置する。加えて、MC・RV・AM事業の競争力強化を図るため、調達機能を統合し「調達本部」を新たに設置する。
このほか、PAS・プール・スカイの各事業および新規事業を統括する「事業推進統括部」を新設する。事業推進統括部は、「PAS事業推進部」、「プール事業推進部」、「スカイ事業推進部」、「ライフサイエンス部」、「アクア環境部」、「環境装置部」を統括する「新規事業推進部」で構成する。
RV、ME、IM事業は、社内カンパニー制を採用していたが、これらを発展的に解消して組織を再編する。RVカンパニーは「RV統括部」に名称変更し、MC事業本部の傘下に位置づける。MEカンパニーは、ヤマハマリンとの合併により、「ME事業部」として再編し、マリン事業本部の傘下に位置づける。IMカンパニーは「IM事業部」に名称変更する。
海外グループ会社におけるガバナンス強化のために、これまでの地域本部（米州・欧州・アジア・日本本部）を発展的に解消し、各地域で複数事業を束ねる「地域統括会社」、インドネシア、タイにおける「MC地域統括会社」を新設、地域最適を図る。この地域統括機能の取りまとめは、グローバルコーポレート本部が行う。