自然災害による鉄道路線の運休区間は、6月末時点で4社12線13区間・計386.1km。常磐線の一部再開により、5月末に比べ8.5km減少した。
6月21日には、九州の指宿枕崎線で大雨の影響による土砂流入が発生し、列車が脱線。一部区間で運転を見合わせたが、28日の始発から運転を再開した。このほか、北海道の江差線と神奈川県内の小田急線では自然災害以外の要因が原因とみられる脱線事故が発生したが、いずれも月内に運転を再開している。
7月は三江線が全線再開の見込み。運休区間は約50km減少する模様だ。
■JR東日本 山田線 宮古～釜石（岩手県） 55.4km
東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。JR東日本はバス高速輸送システム（BRT）による仮復旧の意向を示したが、鉄道の早期再開を求める沿線自治体との間で交渉が難航している。JR東日本は1月31日、同社が線路施設を復旧し、復旧後の運行は三陸鉄道に移管する案を沿線自治体に示した。
■JR東日本 大船渡線 気仙沼～盛（宮城・岩手県） 43.7km
東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。2013年3月から鉄道復旧までの暫定策としてBRTを導入し、線路敷地の一部を活用したバス専用道を整備した。
■JR東日本 気仙沼線 柳津～気仙沼（宮城県） 55.3km
東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。2012年8月から鉄道復旧までの暫定策としてBRTを導入し、線路敷地の一部を活用したバス専用道を整備した。
■JR東日本 石巻線 浦宿～女川（宮城県） 2.5km
東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。2015年春の再開を目指す。終点の女川駅は内陸側に移設する。
■JR東日本 仙石線 高城町～陸前小野（宮城県） 11.7km
東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。ルートを内陸側に移設した上で2015年に再開する予定。
■JR東日本 常磐線 竜田～原ノ町（福島県） 46.0km
東日本大震災による福島第一原子力発電所事故の影響で運休中。このうち夜ノ森・大野・双葉各駅が帰還困難区域に入っており、被害調査もほとんど行われていない。富岡・浪江・桃内・磐城太田各駅は避難指示解除準備区域に移行している。
■JR東日本 常磐線 相馬～浜吉田（福島・宮城県） 22.6km
東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。ルートを内陸側に移設した上で2017年春にも再開する予定。新ルートは用地買収が進んでおり、5月から線路の工事に着手している。
■JR東日本 只見線 会津川口～只見（福島県） 27.6km
2011年7月の豪雨で橋桁が流失するなどの被害。この区間はもともと利用者が極度に少なく、JR東日本も復旧の可否について「総合的に検討を進め」るとしており、復旧のめどは立っていない。2013年11月には沿線自治体の市町村長らで構成される復興推進会議が発足している。
■JR東海 名松線 家城～伊勢奥津（三重県） 17.7km
2009年10月の台風18号により橋台の流失や土砂の流入などが発生。一時は鉄道を廃止する方針が示されていたが、関係自治体が鉄道施設周辺の治山事業などを実施することを条件に復旧の方針に転換した。2015年度内の再開が予定されている。
■信楽高原鐵道 信楽線 貴生川～信楽（滋賀県） 14.7km
2013年9月の台風18号による大雨で橋桁が一部流失し、全線運休中。一時は廃止の可能性も取りざたされていたが、滋賀県の支援や国の補助により再開に向けて動き出した。12月までに再開する模様。
■JR西日本 三江線 江津～浜原（島根県） 50.1km
2013年8月に発生した豪雨の影響で橋脚が流失するなどの被害。同年11月から復旧工事が始まり、今年7月19日に再開の見込み。
■JR西日本 山陰本線 須佐～奈古（山口県） 19.8km
2013年7月の豪雨で橋脚の沈下などが発生。従来は今秋頃の再開を見込んでいたが、復旧作業が順調に進んでいることから再開見込みが8月中に変更されている。
■JR西日本 山口線 地福～津和野（山口・島根県） 19.0km
2013年7月の豪雨で橋脚の沈下などが発生。従来は今秋頃の再開を見込んでいたが、復旧作業が順調に進んでいることから再開見込みが8月中に変更されている。
■（参考）岡本製作所 別府ラクテンチケーブル線 雲泉寺～乙原（大分県） 0.3km
3月22日の運転中に非常ブレーキが作動して停止し、翌23日から運休が続く。別府ラクテンチは道床メンテナンスのためしばらく運休するとしている。期間は未定。
◎（再開）JR東日本 常磐線 広野～竜田（福島県） 8.5km
東日本大震災による福島第一原子力発電所事故の影響で運休。沿線は2012年8月から避難指示解除準備区域に移行した。今年5月29日に楢葉町が2015年春以降の帰町を目指す方針を示したのを受け、6月1日から運転を再開した。
