関東・東北地方を襲った豪雨の影響で運休した鉄道路線のうち、JR日光線が全区間で運転を再開した。只見線と関東鉄道常総線も一部の区間で運転を再開している。9月14日7時までにまとめた運休区間は以下の通り。
JR東日本 只見線 西若松～会津坂下
野岩鉄道 会津鬼怒川線 全線
関東鉄道 常総線 取手～下妻
東武鉄道 日光線 新鹿沼～下今市
東武鉄道 宇都宮線 安塚～西川田
東武鉄道 鬼怒川線 全線
小湊鉄道 小湊鉄道線 里見～上総中野
只見線は、今回の豪雨の運休区間が西若松～会津坂下間に縮小された。会津若松～西若松間と会津坂下～会津川口間で一部列車の折返し運転を行っている。国土交通省とJR東日本によると、西若松～会津本郷間の大川橋りょうの線路にゆがみがみられ、点検が必要という。
東武鉄道は引き続き、日光線新鹿沼～下今市間、宇都宮線安塚～西川田間、鬼怒川線全線の運転を見合わせており、各区間で代行バスを運行している。日光線特急は、JR線直通特急が終日運休。特急スペーシア『けごん』『きぬ』は浅草～春日部・栃木・新栃木間で一部の列車のみ運行し、『しもつけ』も浅草～新栃木間のみ運行する。『きりふり』は通常通り運行する。
野岩鉄道の会津鬼怒川線は、上三依塩原温泉口～男鹿高原で土砂が流入。東京電力送電線の断線による停電もあり、全線で運転を見合わせている。並行する道路も通行止めが続いているため、代行バスは運行されていない。
関東鉄道常総線は下妻～下館間のみ、通常の3割程度の本数で運転を再開した。取手～守谷間の代行バスも運転本数を増やす。