9月30日に九州・中国地方などを襲った台風24号の影響で、JR西日本とJR九州にまたもや長期不通区間が発生している。
10月1日7時に発表された内閣府からの情報によると、JR西日本では山陽本線光～下松間で土砂流入が発生した関係で柳井～下松間で運行を見合わせており、再開には1週間以上を要する見込みとされている。山陽本線は9月30日に平成30年7月豪雨の影響で最後まで不通となっていた三原～白市間が復旧し、全線が再開したばかりだった。
これにより山陽本線を通過する貨物列車にも影響が出ており、JR貨物は岩国～新南陽間で運行を見合わせている。そのため、10月2日からは広島貨物ターミナル～北九州貨物ターミナル・福岡貨物ターミナル間で、10月3日からは広島貨物ターミナル～新南陽間で代行輸送を実施する。
また、JR九州では豊肥本線大分大学前～中判田（なかはんだ）間で土砂流入や盛土崩壊などが発生しており、再開には数日を要する見込みとされている。そのため、10月2日も大分大学前～阿蘇間で終日運行を見合わせるが、代行輸送は行なわれない。