JR貨物は10月10日、山陽本線が10月13日に全線復旧することを受けて再開する貨物列車の運行計画を発表した。
再開初列車は、下りが広島貨物ターミナル駅（広島市南区）を5時20分頃に発車する札幌貨物ターミナル発福岡貨物ターミナル行き98～3098～2071列車、上りが広島貨物ターミナル駅に9時頃に到着する福岡貨物ターミナル発東京貨物ターミナル行き1050列車となるが、完全復旧に向けた作業時間を確保する必要があること、徐行が必要な区間が発生することから、列車の運休や時刻変更が発生する。
運休列車は、東京貨物ターミナル発福岡貨物ターミナル行き5073列車の岡山貨物ターミナル以西、名古屋貨物ターミナル～熊本・鹿児島貨物ターミナル間1062・1063列車の北九州貨物ターミナル以東、大阪貨物ターミナル～福岡貨物ターミナル間3050・3051列車の神戸貨物ターミナル以西で、福岡貨物ターミナル発岡山貨物ターミナル行き1074列車は全区間が運休となる。
時刻変更列車は、始発駅の時刻を20分以上繰り上げる列車が上下各2本、終着駅の時刻を20分以上繰り下げる列車が上り3本・下り10本、途中駅で作業を取り止める列車が上り6本・下り3本、途中駅で作業を追加する列車が上り1本・下り2本となる。
この運行再開により、伯備線・山陰本線・山口線を迂回していた貨物列車は、名古屋貨物ターミナル10月10日発、福岡貨物ターミナル10月11日発が最終運行となる。またトラックによる代行輸送は10月12日限りで終了となる。