7月11日10時25分頃、長崎本線浦上～現川（うつつがわ）間を走行中していた特急『かもめ16号』が、長崎トンネル内で異音を検知して緊急停車した。これにより、鹿児島本線博多～鳥栖間、長崎本線全線で運休や遅延が発生した。
独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（鉄道・運輸機構）の発表によると、九州新幹線西九州ルート（武雄温泉～長崎）の建設を受け持つ同機構が、渇水対策として発注していた試掘ボーリングにより「JR長崎本線長崎トンネル及び同トンネル内を走行中の特急車両を損傷させ、運休や大幅な遅れを発生させる状況となりました」とされている。
機構では「一歩間違えば大事故につながる可能性もあった」として事態を重大視。再発防止の対策を検討するとしている。