JR東日本は11月29日、台風19号の被災による損失額を明らかにした。
それによると、被災した10月の運輸収入は約120億円減に、11月以降は輸送力が改善されたものの、約40億円減になる見込みだという。また、浸水被害を受けた長野新幹線車両センター（長野県長野市）を除く鉄道施設の復旧費用に約170億円を見込んでいるという。
長野新幹線車両センターの復旧に際しては、施設を保有する独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（鉄道・運輸機構）と復旧方針や浸水対策について協議する必要があることから、現時点で具体的な復旧額は算出されていない。
なお、同センターに滞留して浸水したE7系新幹線車両（12両編成8本）はすべて廃車されることになったが、その損失額は代替車の新造費用を含み約418億円とされており、大部分は特別損失として計上される見込みだという。
JR東日本が発表した長野新幹線車両センター付近本線の被災当初の状況。