4月7日に政府から新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言が出されたことを受けて、各鉄道事業者から旅行中止等に伴なう切符の払戻し方等が明らかにされている。
JR東日本では、乗車券類（普通乗車券、特急券、グリーン券、指定席券）については、2月27日午後以降に払戻しの申し出があったものに限り、新型コロナウイルスの影響を理由とする4つの条件のうち、いずれかに該当する場合に無手数料で払い戻すとしている。
また、緊急事態宣言に基づく外出自粛要請を理由に、4月7日以前に購入した乗車券類で、有効期間が緊急事態措置期間中に入るものについては、有効期間が過ぎても、4月7日に申し出があったと看做して払い戻す。
一方、定期乗車券や普通回数乗車券については、通学定期券（大学生相当のものを除く）の場合、2月28日以降の最終登校日を最終使用日と看做して、残りの有効期間を1か月単位で払い戻すとしており、進級により4月以降に有効な定期券を新たに購入する場合については、購入時に払戻しの取扱いを行なう。
4月8日、新宿駅それ以外の定期乗車券については、4月8日以降に利用しなかった場合、4月7日に払戻しの申し出があったと看做して、1か月単位で払い戻すとしている。使用開始から7日以内のものについては、使用日数分の往復運賃を引いた額が払い戻される。
普通回数乗車券については、有効期間が経過した場合でも、4月7日に申し出があったと看做して払戻しを行なう。
4月8日、新宿駅なお、条件が合致した払戻しは、緊急事態措置終了日の翌日から1年以内であれば受けることができるが、定期乗車券や普通回数乗車券については、手数料（220円）が必要となる。
JR東日本以外でも各鉄道事業者で同様の取扱いを行なうことが発表されているが、東京地下鉄（東京メトロ）では4月8日、定期券売り場に払戻し希望者が殺到したことから、17時30分頃から取扱いを中止する一幕があった。同社では「定期乗車券等の払いもどし取扱期間については、緊急事態措置終了日の翌日から1年間ございますので、後日の払いもどしをご検討いただきますようお願い申し上げます」とアナウンスし、自制を求めている。