JR東日本は5月13日、新型コロナウイルスの感染拡大を受け指定席発売を見合わせていた、5月28日以降の定期優等列車の運行計画を明らかにした。
それによると、当面の間、全体の運行本数を新幹線が所定の6割程度、中央線と常磐線の特急が所定の8割程度となる臨時ダイヤを実施。運行列車の指定席発売は、5月28日～6月10日運行分が5月21日から、6月11～24日運行分が6月4日から、6月25日～7月8日運行分が6月18日からとなる。
発売開始時刻は各日5時30分からとなるが、前倒しされることもあるという。7月9日以降の運行分については後日発表される。
なお、東北新幹線と直通運行を行なっている北海道新幹線や、北陸新幹線のJR西日本エリアである上越妙高～金沢間でも臨時ダイヤが実施され、1日あたり、北海道新幹線では『はやぶさ』6本、北陸新幹線では『かがやき』20本すべてと『つるぎ』27本が減便される。運行される列車の指定席発売時期は、JR東日本と同様となる。
6月30日運行分まで行なうとしていた優等列車や普通列車グリーン車の車内販売中止は、7月1日以降も継続されることに。伊豆方面のフラグシップトレイン『サフィール踊り子』の車内販売やカフェテリアの営業も同様となる。一方、伊豆方面の『サフィール踊り子』『踊り子』については、6月1日以降も一部列車の運休を継続。『成田エクスプレス』の日中運休も継続されるが、渋谷駅の線路切換工事が実施される5月30・31日は独自の臨時ダイヤで運行される。この2日間の指定席については5月22日5時30分から発売される。
このほか、臨時列車については6月中に設定されていた新幹線481本、在来線720本すべてが運休となる。