JR北海道は5月20日、新型コロナウイルスの影響による在来線列車の減便を、6月以降も当面の間、継続することを明らかにした。
同社では5月31日まで、札幌～旭川間の特急『ライラック』『カムイ』計10本、函館～札幌間の特急『北斗』4本、室蘭～札幌間の特急『すずらん』4本、札幌～帯広間の特急『とかち』6本、快速『エアポート』（新千歳空港～札幌）16本の減便を実施するとしていたが、これらを6月1日以降も継続する（本数はいずれも1日当たり、以下同）。
さらに6月14日からは減便が拡大され、『ライラック』『カムイ』が2本増の12本、『北斗』が2本増の6本、『エアポート』が12本増の28本となる。このうち『エアポート』については、小樽～札幌間でも4本が減便され、日中の列車は毎時4本から3本となる。
特急では、運行本数が少ない旭川～網走間の『大雪』や旭川～稚内間の『サロベツ』も減便され、『大雪』は4本すべてが運休し、石北本線の特急は『オホーツク』のみとなる。『サロベツ』は4・3号の2本が運休となる。
特急『大雪』『大雪』が全列車運休になることを受けて、『オホーツク1号』が丸瀬布に、『オホーツク4号』が白滝に臨時停車する。
このほか、普通列車では小樽～札幌間で計4本、札幌～江別間で計3本を追加で減便。手稲7時34分発札幌行き『ホームライナー』は運休となる。
減便に加えて、特急の編成減車も継続され、6月14日からは5両編成で運行されている『おおぞら』12本のうち6本、『北斗』18本のうち14本がそれぞれキハ261系1000番台4両編成となる。札幌14時発『カムイ19号』の789系0番台による運行も継続される。