7月3日以来、熊本県や鹿児島県を中心に九州南部を襲った記録的な豪雨は、7月6日夕方に九州北部の福岡、佐賀、長崎各県にも波及し、大雨特別警報が発令された（7月7日11時40分、警報に切換え）。
このため九州の鉄道では、長期の不通が見込まれている肥薩線（八代～人吉～隼人）、くま川鉄道（人吉温泉～湯前）、肥薩おれんじ鉄道八代～出水間、吉都線（都城～吉松）のほかに、7月7日は九州新幹線熊本～鹿児島中央間、鹿児島本線羽犬塚～長洲・川内～鹿児島中央間、久大本線久留米～由布院間、指宿枕崎線指宿～枕崎間、大村線（早岐～諫早）、後藤寺線（新飯塚～田川後藤寺）、日田彦山線田川後藤寺～添田間、筑豊本線（原田～桂川）、日豊本線西都城～国分間、日南線（南宮崎～志布志）で終日運休が決定している。
とくに久留米駅（福岡県久留米市）と大分駅（大分県大分市）を結ぶ久大本線は、筑後川水系の一部で氾濫が発生したため甚大な被害を受けている模様で、ツイッターでは、大分県内の豊後中村～野矢間に架かる野上川の橋梁が崩落しているという情報が伝えられている。同線は2017年7月に発生した九州北部豪雨により、光岡～日田間に架かる花月川橋梁が流出したが、架替えにより2018年7月に全線が復旧していた。
私鉄や第三セクター鉄道では、福岡県の西日本鉄道（西鉄）天神大牟田線西鉄柳川～大牟田間、甘木線（宮の陣～甘木）、甘木鉄道（基山～甘木）、長崎県の松浦鉄道（有田～伊万里～佐世保）と島原鉄道（諫早～島原港）が全線で運行を見合わせている。また、肥薩おれんじ鉄道では米ノ津～出水間の朝・夕夜間に限り、一部の列車が運行されている。
7月4日の肥薩おれんじ鉄道球磨川橋梁。倒壊や流出は免れている。一方、JR貨物は7月7日、肥薩おれんじ鉄道の被災を受けて、八代～鹿児島貨物ターミナル間を1日3往復している貨物列車の運行を見合わせると発表。同日からトラックによる代行輸送を開始しているが、7月8日以降は日曜日を除いて1日90個程度のコンテナを輸送する計画。