JR東海は7月9日、気象庁が同日に「令和2年7月豪雨」と名付けた記録的豪雨で被災した高山本線と飯田線について、全線再開まで相当の日数を要することを明らかにした。
7月7日から9日にかけての豪雨により、高山本線では飛騨一ノ宮～高山間など、飯田線では小和田（こわだ）～中井侍（なかいさむらい）間など複数個所で土砂流入が発生、線路冠水も確認されており、JR東海は天候が回復した地点から順次、現地調査を進め、全容把握に努めているとしているが、当面の間は、高山本線の特急『（ワイドビュー）ひだ』、飯田線の特急『（ワイドビュー）伊那路』が全列車運休する。
一方、JR四国では五十崎（いかざき）～喜多山間で斜面崩壊が発生しているため、7月10日は内子～伊予大洲間で運行を見合わせており、再開の目途が立っていない。このため7月10・11日は、普通列車が内子駅（愛媛県内子町）と伊予大洲駅（愛媛県大洲市）で折返し運行。特急『宇和海』は一部区間が運休となり、松山～宇和島間でバス代行が実施される。これに伴ない観光列車は、『志国土佐 時代の夜明けのものがたり』が7月10・11日、『伊予灘ものがたり』が7月11日の運休が決定している。
また、JR九州では、鹿児島本線玉名～肥後伊倉間で土砂流入が発生したため、7月10日時点で同線の長洲～植木間が当面の間、運行見合せとなっている。
飯田線小和田～中井侍間の被災現場。