JR東海は7月21日、令和2年7月豪雨の影響により高山本線で最後まで不通となっていた飛騨小坂～渚間を7月23日始発から再開すると発表した。
これにより高山本線は全線が再開することになり、名古屋～下呂間や高山～猪谷間での運行となっていた特急『（ワイドビュー）ひだ』も全線通しての再開となる。
一方、JR九州は7月21日、八代～真幸（まさき）間で運行を見合わせている肥薩線について、八代～吉松間の被災状況を7月20日にすべて把握したと発表したが、それによると、鎌瀬～渡間ではかなりの数の土砂流入や道床流出が判明。7月13日時点で65件としていた肥薩線全体の被災件数が450件に膨れ上がっている。
肥薩線以外の線区では徐々に再開の動きがあり、鹿児島本線では鹿児島県内の川内～隈之城（くまのじょう）間が7月20日に一部再開。同じく鹿児島県内の串木野～鹿児島中央間は7月27日の再開を予定しており、同日から川内～串木野間でバスによる代行輸送を開始する予定としている。川内～鹿児島中央間全線の再開は8月1日を予定している。また、熊本県内の長洲～植木間は8月3日に再開する予定で、この日をもって鹿児島本線は全線再開する見込み。
肥薩線のおもな被災箇所。このほか、日田～向之原（むかいのはる）間で運行を見合わせている久大本線では、日田～豊後森間が8月8日、庄内～向之原間が8月下旬に再開する予定。