JR東日本は12月12日、国土交通大臣に鉄道運賃・料金の変更認可を申請した。2014年4月1日に消費税率が現行の5％から8％に引き上げられるのにあわせ、引上げ相当分を運賃と料金に加える。原則としてICカードは1円単位、それ以外の切符は10円単位での値上げになる。
同社の発表によると、今回の申請では「消費税の主旨に照らして、消費税率引上げ分を運賃・料金に公平に転嫁することを基本」とし、全体の改定率が105分の108（およそ2.857％の値上げ）となる改定を行う。改定率の内訳は運賃が2.861％、料金が2.842％で、このうち運賃は定期外が2.960％、定期が2.676％になる。
普通旅客運賃は税抜き運賃に1.08を乗ずるが、端数処理はICカードで運賃を支払う場合と、それ以外の方法で運賃を払う場合とで異なる。ICカードは1円未満の端数を切り捨てて1円単位の運賃とする。一方、自動券売機で発売する切符を利用するなど、ICカード以外の方法で運賃を支払う場合は、円単位を四捨五入して10円単位にした金額とする。ただし、山手線内と首都圏の電車特定区間内、東京地区の特定区間内の相互発着となる場合は、円単位を切り上げて10円単位にする。
定期旅客運賃など普通旅客運賃以外の運賃と料金は、原則として現行の運賃・料金に105分の108を乗じ、円単位を四捨五入して10円単位とした額にする。
ただし、これらの改定をそのまま実施すると全体の改定率を超えることから、山手線と電車特定区間、東京地区の特定区間内相互発着となる場合に適用する定期旅客運賃の改定率を低減することで調整する。
以上の改定が申請通りに実施された場合、ICカード乗車システム「Suica（スイカ）」が導入されているエリアでは、利用区間が同じでも切符とICカードで運賃が変わり、どちらが安くなるかはエリアや区間によって異なる。山手線内と首都圏の一部路線で設定されている電車特定区間では、ICカードの方が切符より安くなるか、もしくは同額になる。その一方、それ以外の幹線と地方交通線では、切符の方が安くなる区間とICカードの方が安くなる区間が混在する。
初乗り運賃（1～3km）の場合、現在は幹線と地方交通線が140円、電車特定区間と山手線が130円だが、申請運賃では幹線・地方交通線が切符140円・ICカード144円、電車特定区間・山手線が切符140円・ICカード133円になる。山手線内と電車特定区間内ではICカードの方が切符より7円安いが、新潟・仙台地区のSuica導入エリアや、首都圏でも電車特定区間から外れたSuica導入エリアでは、切符の方がICカードより4円安くなる。
100kmまでの幹線運賃では、ICカードの方が安くなる距離が4～15kmと26～30km、36～45km、71～80km、切符の方が安くなる距離が1～3kmと16～20km、31～35km、46～70km、91～100km、同額になる距離が21～25kmと81～90kmになる。
新宿駅（東京都新宿・渋谷区）から湘南新宿ラインを利用し大宮駅（さいたま市大宮区）まで乗ると、電車特定区間の運賃が適用され切符470円・ICカード464円となり、ICカードを利用した方が6円安くなる。一方、大宮駅から一つ先の土呂駅（さいたま市北区）まで乗ると、電車特定区間から外れるため幹線運賃が適用され、切符580円・ICカード583円に。ICカードの方が3円高くなる。
