国土交通省は、スカイマークが運航開始前に必要な整備を実施せずに運航していたことが発覚したことから同社を厳重注意した。
国交省によるとスカイマークは1月20日、運航するB737-800型機の操縦系統の一部不具合修理を持ち越したまま運用を継続するため、必要な整備作業の実施状況について航空局が確認したところ、本来毎日の運航開始前に実施するべき整備作業（操縦系統の作動点検）の記録のうち、1月19日の記録がないことが判明した。
スカイマークに確認を指示したところ、この機体の整備を担当したメカニックは、1月19日の運航開始までに、この機体の整備作業を実施しなければならないという認識をもっていたものの、他の整備作業が重複していたため、出発までに整備を実施できそうになかったことや、操縦系統に不具合が見受けられなかったことから、整備しないまま機体を出発させていた。
国交省では、今回の事態は安全確保上、重大な問題と判断、スカイマークに対して厳重注意するとともに、整備作業に係る適切な指示と、整備実施状況を組織的に確認するよう指示した。
同時に、使用する全航空機が確実に整備され、記録が適切に管理されていることを再確認した上で、2月13日までに再発防止策をまとめて国交省に報告するよう指示した。
