JR貨物は4月21日、熊本地震の影響による不通区間が全て解消されたと発表した。地震発生から再開まで153本の貨物列車が運休した。
同社の発表によると、九州内で貨物列車が運行されている路線のうち、最後まで不通だった鹿児島本線熊本～八代間が4月21日13時に運転を再開。これに伴い貨物列車も全て運転を再開した。それまでに運休した貨物列車は、一部の区間を運休した列車も含め153本に及んだ。
熊本以南の八代・川内・鹿児島貨物ターミナル各駅や都城オフレールステーションに発着する貨物の引き受けも再開。「全国的に通常通りの輸送が可能」になったという。
一方、救援物資などの輸送に対応するため、4月19日から運転されている吹田貨物ターミナル～福岡貨物ターミナル間の臨時貨物列車は、九州内に到着する清涼飲料水などの食料工業品や宅配便貨物を中心に利用されているという。