JR貨物は9月25日、山陽本線三原～白市間の9月30日再開予定に合わせた貨物列車の運行計画を発表した。
それによると、再開一番列車は下りが富山貨物発福岡ターミナル行き（岡山貨物ターミナル6時55分発）3090～2075列車、上りが福岡貨物ターミナル発東京貨物ターミナル行き（広島貨物ターミナル5時59分発）1050列車となり、伯備線・山陰本線・山口線で行なわれていた迂回運行は名古屋貨物ターミナル発9月27日、福岡貨物ターミナル発9月28日の列車が最後となる。
また、トラックによる代行輸送は9月29日限りで終了。船舶による代行輸送は東京港～博多港間が上下とも9月26日発、岡山港～北九州港間が下り9月28日発・上り9月27日発、大阪港～北九州港・博多港間が上下とも9月28日発が最後となる。
なお、再開後も完全復旧までの作業時間を確保する必要があること、徐行区間があることなどから、部分運休や時刻変更を実施する列車が発生する。
部分運休する列車は、東京・名古屋・大阪の各貨物ターミナルを発車する九州方面への3本（5073・1063・3051列車）、福岡・鹿児島の各ターミナルを発車する大阪・名古屋方面の2本（1062・3050列車）で、福岡貨物ターミナル発岡山行きの1074列車は全区間が運休となる。
時刻変更を行なう列車は、始発時刻を20分以上繰り上げる列車が上下各2本、終着時刻を20分以上繰り下げる列車が下り10本・上り3本。ほかに途中駅で作業を取り止める列車が下り3本・上り6本、途中駅で作業を追加する列車が下り2本・上り1本となる。
