国土交通省は8月29日、九州北部を中心に続いている大雨の影響による鉄道の被害状況（第2報）をまとめた。
5時時点の情報によると、JR九州では筑肥線肥前長野～桃川間で線路冠水、唐津線多久～岩屋間で築堤崩壊、佐世保線武雄温泉～永尾間で築堤崩壊と線路冠水が確認されている。
また、有田駅（佐賀県有田市）と佐世保駅（長崎県佐世保市）を結ぶ西九州線を運営する松浦鉄道では、廣島口～前浜間、たびら平戸口～西田平間で法面崩落、高岩～いのつき間で道床流出が確認されている。
これにより、JR九州では8月29日も、佐世保線肥前山口～早岐（はいき）間、唐津線久保田～唐津間、筑肥線山本～伊万里間が始発から運休しており、佐世保線を通過する博多～佐世保間の特急『みどり』、博多～ハウステンボス間の特急『ハウステンボス』も運休。一方、久大本線では12時15分から久留米～日田間が運行見合せとなっている。
松浦鉄道では、たびら平戸口～佐世保間で佐々14時44分発佐世保行きから運行を再開しており、佐世保～伊万里間の列車はたびら平戸口での折返し運行となっている。
このほか、JR西日本では11時時点で、山陰本線益田～下関間と長門市～仙崎間、美祢線（厚狭～長門市）、山口線（新山口～益田）で始発から運行を見合わせている。今後の状況次第では終日運休の可能性があるとしているが、代行バスは運行されない。
