JR九州は7月13日、令和2年7月豪雨に伴なう各線の被災状況を明らかにした。
日田～向之原（むかいのはる）間で再開の見通しが立っていない久大本線では、豊後中村～野矢間の第二野上川橋梁が流失。橋脚の傾斜、トンネルや軌道への土砂流入、盛土流出なども各所で発生し、合わせて145件の被害が判明している。
八代～真幸（まさき）間で再開の見通しが立っていない肥薩線では、鎌瀬～瀬戸石間の球磨川第1橋梁、那良口～渡間の第二球磨川橋梁が流失。盛土や路盤、道床の流出なども各所で発生しており、合わせて65件の被害が判明している。
また、基幹路線の鹿児島本線では、熊本県内の玉名～肥後伊倉間、鹿児島県内の木場茶屋（こばんちゃや）～串木野間、上伊集院～広木間の大規模な土砂流入など、26件の被害が判明しており、早期復旧へ向けた工事が進められている。
そのほかの線区でも倒木や土砂流入、線路浸水、盛土流出など109件の被害が確認されており、JR九州では、今後の気象状況によってはさらに被災箇所が増えることが見込まれるとしている。
これらの被害により、7月3～10日の8日間、九州新幹線、鹿児島本線、日豊本線、長崎本線、佐世保線、筑肥線、篠栗線、宮崎空港線、筑豊本線、大村線、唐津線、日田彦山線、後藤寺線、久大本線、豊肥本線、三角（みすみ）線、肥薩線、指宿枕崎（いぶすきまくらざき）線、吉都（きっと）線、日南線で合計4550本の列車が運休し、約19万人に影響が出たという。
一方、JR東海からも7月14日に高山本線と飯田線の被災状況が発表されている。
高山本線は現在、飛騨萩原～高山間で運行を見合わせているが、このうち飛騨小坂～渚間では、並行する国道41号線も大規模に被災。隣接するJR東海の施設も被災したため、再開の見通しが立っていない。飛騨萩原～飛騨小坂間と渚～高山間については7月20日始発から再開する予定で、7月16日からは定期券や回数券の利用者を対象に、バスによる代行輸送を実施するとしている。
なお、高山本線で運行されている特急『（ワイドビュー）ひだ』は、減便の上、名古屋～下呂間と高山～猪谷間で運行が再開されている。
飯田線は、小和田（こわだ）～中井侍間で斜面崩壊や電気設備の損傷が発生した関係で、水窪～平岡間で運行を見合わせており、再開までに3か月程度が見込まれるとしている。このため、飯田線の特急『（ワイドビュー）伊那路』は全区間が運休しているが、普通列車については不通区間を除いて運行されている。
令和2年7月豪雨の影響は、7月14日もJR西日本エリアで出ており、芸備線は西三次～志和口間で路盤流出などが発生したため、備後落合～広島間の終日運休が決定。木次線では、出雲横田～備後落合間で終日運行を見合わせる。
福塩線では吉舎（きさ）～塩町間で斜面崩壊が発生しているため、府中～塩町間の終日運休が決定。
山口線では、宮野～益田間の終日運休が決定しており、7月15日始発から再開する予定としている。
