9月17～19日の3連休に日本列島を縦断すると予報されている台風14号について、JR各社が注意を呼びかけている（情報は9月16日19時時点で確認したもの）。
このうち台風に近いJR九州では、次の線区で終日運休が決定している。
■9月17日
・鹿児島本線
川内～鹿児島中央（20時頃～）。
・豊肥本線
肥後大津～中判田（21時頃～）。
・三角線
宇土（熊本）～三角全線（21時30分頃～）。
・久大本線
日田～向之原（21時頃～）。
・日豊本線
幸崎～佐伯（21時頃～）、佐伯～延岡（14時頃～）、延岡～南宮崎～都城（18時頃～）、都城～国分（17時頃～）、国分～鹿児島中央（19時30分頃～）。
・指宿枕崎線
鹿児島中央～山川（17時30分頃～）、山川～枕崎（9時30分頃～）。
・肥薩線
吉松～隼人（14時頃～）。
・宮崎空港線
田吉～宮崎空港全線（19時頃～）。
・吉都線
都城～吉松全線（10時頃～）。
・日南線
田吉～青島～志布志全線（10時頃～）。特急『海幸山幸』は全列車運休。
ラストランまで1週間足らずとなった長崎本線の特急『かもめ』も9月18日は始発から終日運休となる。
■9月18日
・九州新幹線
博多～熊本（12時頃～）、熊本～鹿児島中央（始発～）。
・在来線
山陽本線下関～門司、鹿児島本線門司港～荒尾、筑豊本線若松～桂川（けいせん）全線、笹栗線吉塚～桂川全線、香椎線西戸崎～香椎～宇美全線、日豊本線小倉～柳ヶ瀬は12時から。それ以外の線区は始発から。特急は全列車始発から。
JR四国では運行見合せや遅れ、行先変更の可能性があるとしており、9月18・19日は観光列車の『伊予灘ものがたり』『四国まんなか千年ものがたり』『志国土佐 時代の夜明けのものがたり』『藍よしのがわトロッコ』『しまんトロッコ』の運休が決定。9月19日は『瀬戸大橋アンパンマントロッコ』も運休する。
JR西日本では9月19日始発から夕方まで山陽新幹線広島～博多間と博多南線で運行見合せの可能性があるとしている。
山陽新幹線では広島～博多間で9月19日始発から夕方まで運休が発生する可能性がある。JR東海では東海道新幹線で運行計画の変更が発生する場合があるとしており、在来線では運行見合せや減便の可能性があるという。
JR東日本では9月19日夜～9月21日に新潟支社管内の各線で遅れや運休が発生する場合があるとしている。