阪神高速道路公団は、阪神高速回数券付替サービスの注意事項など利用方法について注意を促している。それによると、阪神高速回数券付替サービスのユーザーIDとパスワードは、ETC前払い割引サービスやETCマイレージとは別個のもので、ユーザーIDは8459から始まるものであると説明している。
阪神高速回数券付替サービスの残高照会やパスワード変更は、阪神高速回数券付替サービスのものを利用しないと、サービスを受けることはできない。
また、阪神高速回数券付替サービスでは、回数券付替残高が前払い残高よりも優先して利用することになっている。しかしシステム処理の都合で、前払い割引サービスの利用明細の画面は、回数券残額が一時的に前払い残高から重複して差し引かれた表示となる。
利用日翌日の夕刻以降には重複表示は消え、前払い残高から差し引かれる前の表示に戻る（ただし、合併料金所走行については、約2週間必要となる）ので、二重引き落としは発生しないということを理解してほしいと阪神高速道路公団は訴えている。
