日本マイクロソフト株式会社は6月13日、同社が6月4日に公開した「セキュリティ アドバイザリ（2718704）承認されていないデジタル証明書により、なりすましが行われる」に関連し、証明書の失効とWindows Updateについて発表した。このアドバイザリには、マイクロソフトの証明書で署名されたサードパーティプログラムが作成できる可能性がある、また正常なWindows Updateサーバから更新が行われていることを保証できないという、Flameに関連する問題を含んでいる。
Flameで利用されたコード署名はコリジョンアタックが行われており、マイクロソフトのルート証明書に関連づけられていた。また、Flameの感染方法のひとつとして、Windows Updateが利用されていた。そこでマイクロソフトでは、TSLに対して問題となったTSL証明書の失効処理を実施するとともに、TSLの署名機能を停止した。さらに、SHA-1、SHA-2を利用したマイクロソフトのルート証明書と分離した新たなTSL証明書を作成した。これによりコード証明に利用されないようにした。あわせてWindows Updateエージェントを修正し、コード署名に利用されない証明書（問題となったTSL証明書）を無効とした。さらに、8月に1,024bit未満のRSA証明書を、より強度の強いものへと変更するという。
