JR東日本が発表した設備投資計画によると2013年度は前年比400億円増となる4450億円を投資する。
昨年秋に発表した「グループ経営構想V～限りなき前進～」に基づき、災害に強い鉄道を目指して大規模地震対策と沿岸被災線区の復旧に重点的に取り組む。
具体的な設備投資計画では、高架橋柱・橋脚・駅舎などの耐震補強に加え、首都直下地震に備えた盛土、切取、レンガアーチ高架橋、電化柱の耐震補強や駅・ホームの天井・壁落下防止対策を本格的に進める。
沿岸被災線区の復旧では、地域全体の復興や「まちづくり」の計画策定と一体となって、国・地方自治体と協議しながら進める。踏切事故対策、自然災害対策などの安全対策を着実も推進する。駅ホームの安全性を高めるために、山手線の大塚駅、巣鴨駅など7駅でホームドアを使用開始するほか、プラットホームへの点字ブロック内方線を整備する。
2014年春の時速320km運転開始に向け、秋田新幹線直通用の新型高速新幹線車両E6系を追加投入するとともに、2014年度末の北陸新幹線金沢開業に向けE7系車両の製造準備を進める。
在来線では、2014年度中の東北縦貫線開業に向けた整備を推進するほか、通勤型電車E233系車両の埼京線・横浜線への投入を進める。「乗る」こと自体が目的となるような、新しいコンセプトの列車づくりを進め、2013年度は「SL銀河鉄道（仮称）」、全席レストラン空間の列車「Tohoku Emotion」を運行開始する。
鉄道輸送の安定性向上を目指して老朽設備の更新を着実に進めるほか、首都圏での雪害対策を実施する。「Tokyo Station City」として東京駅周辺で整備を進めている計画のうち、八重洲口開発（中央部・グランルーフ）が今期完成する。中央ラインモール「nonowa 武蔵境」、神田万世橋高架下開発、JR大塚駅南口ビル（仮称）、海浜幕張駅エキナカ商業施設も開業する。
電力の安定供給確保を図るため、川崎火力発電所の設備更新を進めるほか、京葉車両センターに太陽光発電設備を整備する。電力貯蔵装置、電力融通装置、駅電力量表示装置の整備など、スマートグリッド技術の導入を進める。
烏山線で2014年春から蓄電池駆動電車が営業運転を開始する。様々な環境保全技術を導入した「エコステ」モデル駅として、新たに京葉線海浜幕張駅の整備を完了する。
東京駅構内全体に共通ネットワークを整備し、公衆無線LANの拡充や、スマートフォン向けアプリとエリアワンセグ放送を通じ、顧客への鉄道関連情報を提供していく。
