7・8月の大雨の影響で運転を見合わせているJR線は、8月16日10時時点でJR東日本の花輪線鹿角花輪～大館間37.2km、JR西日本の山口線地福～益田間50.0km、山陰本線益田～奈古間45.7kmの3線3区間となっている。
花輪線は十和田南～末広間で路盤の流失が発生するなどの被害が発生しており、JR東日本盛岡支社は復旧に相当な時間がかかるとしている。このため19日から当分の間、代行バスの運行と路線バスへの振替輸送が行われる。
代行バスの運行本数は、鹿角花輪発が6時30分、6時55分、7時45分、18時30分、19時55分の5本、大館発が6時5分、8時、16時30分、18時5分、18時15分、19時50分の6本。日中は秋北バスが鹿角花輪～大館間で運行している路線バスと、秋北バスなどが盛岡～大館間で共同運行している高速バス「みちのく号」による振替輸送が行われる。
また、秋田県鹿角市で開催される祭り「花輪ばやし」に合わせて秋田～大館～鹿角花輪間で運転される予定だった臨時快速『花輪ばやし1・2号』（8月19・20日）は、大館～鹿角花輪間を区間運休とし、大館駅から祭り会場付近まで大型バスによる代行輸送を行う。
一方、6月の大雨で運休が続いていたJR西日本の大糸線南小谷～糸魚川間35.3kmは、8月15日から運転を再開した。
