台風18号が日本列島に上陸した9月16日、各地の鉄道路線で列車の運休や運転の見合わせが相次いだ。国土交通省のまとめによると、17日5時の時点で鉄軌道事業20社局39路線が運転を休止。一部の路線では橋りょうの流失など大きな被害が発生している。
17日13時までにまとめた主な運休区間は以下の通り。
JR北海道は、日高本線静内～様似間と根室本線（花咲線）釧路～根室間で運転を見合わせている。
JR東日本は、奥羽本線横堀～横手間と秋田～弘前間、花輪線好摩～鹿角花輪間、五能線能代～深浦間、上越線水上～越後中里間、飯山線戸狩野沢温泉～十日町間、信越本線脇野田～妙高高原間で運転を見合わせている。
JR東海では、飯田線の門島～唐笠間と為栗～温田間で土砂が流入し、時又～駄科間でも路盤が流出した。このうち門島～唐笠間は約160立方mの土砂が約40mに渡って流入しており、土砂に埋もれている施設が損傷している可能性もあることから「運転再開には相当の日数がかかる見込み」（JR東海）という。現在は平岡～天竜峡間の運転を見合わせており、バスによる代行輸送を実施している。
JR西日本では小浜線の一部区間で土砂の流入があり、17日は全線で終日運転を見合わせる。
IGRいわて銀河鉄道のいわて銀河鉄道線では、渋民～好摩間の松川橋りょうの土留めや下田踏切付近の盛り土が崩壊。17日は滝沢～いわて沼宮内間で終日運転を見合わせる。
大井川鐵道では井川線閑蔵～井川間で落石があり、現在は千頭～接阻峡温泉間で折り返し運転を行っている。
京阪電気鉄道の大津線系統では、京津線御陵～浜大津間の全区間で運転を見合わせている。途中の追分～大谷間では土砂の流入と道床の一部流出が発生した。御陵駅で接続している京都市営地下鉄東西線も、同駅の浸水により烏丸御池～小野間で運転を見合わせている。
信楽高原鐵道は、信楽線貴生川～紫香楽宮跡間にある杣（そま）川橋りょうの橋脚1本と橋りょう2本が流失。貴生川～信楽間の全区間で列車の運転を見合わせている。
このほか、嵯峨野観光鉄道と六甲摩耶ケーブル六甲ケーブル線なども運休している。
東海道新幹線は9月16日15時までに運転を再開。東海道本線大津～膳所間では盛り土が崩壊して周辺の民家に土砂が流入したが、同日21時までに運転を再開している。
