太田昭宏国土交通大臣は11月19日の閣議後会見で、JR北海道に対し行っている特別保安監査により、レールの計測データが改ざんされていた事実を確認したことを明らかにした。
改ざんが認められたのは、函館保線管理室管内の副本線と分岐器（ポイント）。「野帳」と呼ばれる屋外で計測時に記入するメモと、コンピューター上に保存されているデータが一致しなかった。聞き取りを行ったところ、一部の関係者から改ざんを行ったとの証言を得たという。
太田国交相は「改ざんが行われた背景や動機などについて、さらに詳細に調査を行っている」とし、11月14日から17日までを予定していた監査期間を無期限延長したことについては「データを測定した人、記入した人、入力した人などに個別に聞き取りを行うので、相当な時間を要する」と述べ、徹底して調査する考えを示した。
