大井川鐵道と国土交通省によると、大井川鐵道の井川線尾盛～閑蔵間で土砂流入の被害が発生し、9月2日10時22分から接岨峡温泉～井川間が不通となっている。同線は現在、千頭～接岨峡温泉間で折返し運転が行われている。
このほか、9月4日夜からの大雨により、JR西日本の一部路線で運転の見合わせが続いている。国交省が9月5日9時時点の情報としてまとめたところによると、運転休止区間は山陰本線園部～福知山間と福知山線篠山口～福知山間、舞鶴線綾部～東舞鶴間、美祢線美祢～長門市間。いずれも道床流出や線路冠水などの被害が発生したが、山陰本線と舞鶴線は16時頃、福知山線は17時頃、美祢線は長門市18時12分発から、それぞれ運転を再開する見込みだ。