国土交通省は、商船の海難事故の発生状況や海上運送法に基づく地方運輸局による監査状況と処分・指導事例など、海上輸送の安全にかかわる情報の2013年度分を公表した。
それによると、日本に寄港しない外国船舶によるものを含む、2013年度の商船（貨物船、タンカー、旅客船）の海難事故隻数は、前年比約10％減の389隻だった。死者・行方不明者を伴う海難事故の多くは、貨物船が占めた。
商船の事故の約5割は「衝突」によるもので、次いで「乗揚」、「機関故障」がそれぞれ約2割を占めた。
商船の事故原因は、人為的要因による運航の過誤が7割近くを占めており、このうち「操船不適切」が3割弱、「見張り不十分」が約2割を占めた。
国土交通省が定める政策評価（業績指標）の第9次交通安全基本計画における目標は、第8次交通安全基本計画期間の年平均である497隻と比較して、2015年までに商船の海難隻数を1割削減し447隻以下させることを目標とする。
2013年の実績値は、379隻で、2012年に比べ43隻減少、約10%減となり、目標値である447隻を68隻下回っている。過去の実績のトレンドからは目標年に目標値を達成する見込み。
運航管理を通じて船舶航行の安全を確保するため、全国の地方運輸局の運航労務監理官が、船舶運航事業者への立入検査（監査）を実施している。
2013年度における運航管理監査の実施件数は、2429件で、処分は11件（指導を含む）、うち2件は「輸送の安全の確保に関する命令」を発出した。
