スカイマーク（有森正和社長）は、整備を怠ったまま運航を実施し、国土交通省から整備の確実な実施に関する厳重注意処分を受けたことについて、社内規定に基づく処分を行った。
安全統括管理者の松尾愛一郎取締役執行役員は、自ら報酬を返上。整備責任者を含む関係した整備士3人について、2人を減給処分、1人をけん責処分とした。報酬の返上と減給処分は、すべて2月支給1か月分10％の減額。整備士3人は整備部門から異動となった。2月4日付けで実施された。
厳重注意処分となった未整備の機体はB737-800型機（JA737Q）。同社は1月17日発生したコックピットの表示機能の不具合を発見。未整備のまま正常動作を毎日点検することで特例として運航を続けていたが、1月19日は、その点検を怠ったまま運航を継続した。
同機を使った19日の運航は、羽田～那覇線、那覇～宮古線、那覇～福岡線の計6便。330人に影響を与えた。
