大分県佐伯市で最大震度5強を中心とする地震が、13日深夜2時52分に発生した。地震の場所は大分県南部でマグニチュード5.7（暫定値）、地震の深さは58km。
熊本県産山村（うぶやまむら）、阿蘇市、大分県豊後大野市、愛媛県西伊予市（せいよし）で震度5弱を観測したほか、中部地方から九州地方にかけて震度4～1の揺れをもたらした。
気象庁の長谷川洋平地震津波監視課長は5時に会見を開き、「今後1週間程度は、震度5弱の余震に注意してほしい。また（雨が続いているため）土砂崩れなどの災害にも気をつけてほしい」と呼びかけた。
大分県南部とその周辺では「過去90年間に比較的規模の大きな地震が何度か起きている」（長谷川氏）という。
2000年に入ってからも、01年3月24日にはM6.7の芸予地震（最大震度6弱）、06年6月12日にM6.2（最大震度5弱）、14年3月14日にM6.2（最大震度5強）などがあった。
ホンダの4番目の工場で二輪車と汎用製品の量産を行う熊本製作所のある熊本県菊池郡大津町も震度3を観測した。
西日本高速道路大分支社によると、地震発生当初に時速50キロの速度規制を実施したが、道路への影響はなく、まもなく規制は解除され、通常通行に戻っている。
九州旅客鉄道では点検のため一部の始発列車で遅れや運休を生じたが、9時30分時点で、すべて解消した。
日豊線の普通列車（上り）1本が運休、特急・普通列車あわせて8本に、また豊肥本線でも普通列車4本に遅れが生じた。
