台風15・16号の影響で西日本を中心に運転の見合わせが相次いだ鉄道各線は順次再開しているが、現在も一部の区間で運転の見合わせが続いている。JR西日本の紀勢本線（きのくに線）とJR九州の肥薩線では、土砂流出入の被害が発生している。
国土交通省や各社の発表によると、きのくに線は台風16号の高波の影響で、新宮～三輪崎間（和歌山県新宮市）の土砂が流出。8月22日から同区間を含む新宮～紀伊勝浦間の運転を見合わせている。現在はバスによる代行輸送が行われているが、鉄道再開の見込みはまだ立っていない。
肥薩線は台風15号の大雨の影響により、八代～吉松間で運転を見合わせている。同区間内の鎌瀬～瀬戸石間（熊本県八代市）では、大規模な斜面崩壊により線路内に土砂が流入。人吉（熊本県人吉市）～真幸（宮崎県えびの市）間でも木が多数倒れているのが見つかった。バスなどによる代行輸送は行われていない。JR九州は「長時間の運転見合わせが見込まれます」としている。
このほか、八代（八代市）～川内（鹿児島県薩摩川内市）間を結ぶ肥薩おれんじ鉄道線でも倒木や架線断線の被害が発生。同線を運営する肥薩おれんじ鉄道は、8月28日まで上下線とも終日運休するとしている。