関東鉄道は9月15日、関東・東北地方を襲った豪雨で運休が続く常総線取手（茨城県取手市）～下妻（下妻市）間36.1kmのうち、取手～守谷（守谷市）間9.6kmの運転を9月16日から再開すると発表した。これに伴い代行バスの運行区間も変わる。
常総線は取手～下館（筑西市）間51.1kmを結ぶ鉄道路線。豪雨の影響で線路が冠水し、全線で運転を見合わせた。その後、下妻～下館間15.0kmのみ通常の3割程度の本数で運転を再開。取手～守谷間ではバスによる代行輸送を開始した。
9月16日に再開するのは取手～守谷間で、運転本数は通常の5割程度になる。これに伴い同区間の代行バスは運転を終了し、新たに守谷～水海道（常総市）間で代行バスの運行を開始する。列車の運休区間は守谷～下妻間の26.5kmに縮小されるが、関東鉄道は同区間について「引き続き当分の間、運転再開が見込めない状況」としている。
このほか、小湊鉄道線の里見～月崎間（千葉県市原市）4.1kmも9月16日から再開する予定。月崎～上総中野（大多喜町）間9.3kmは引き続き運休し、バスによる代行輸送が行われる。
9月14日から運休区間が西若松（福島県会津若松市）～会津坂下（会津坂下町）間18.5kmに縮小した只見線では、運行再開区間を含む会津若松～会津川口間で代行バスを運行している。区間別の下り運行本数は、会津若松～西若松間が列車3本、西若松～根岸間がバス7本、根岸～会津坂下間がバス8本、会津坂下～会津川口間が列車2本・バス3本。上りは会津川口～会津坂下間が列車2本・バス1本、会津坂下～会津高田間がバス8本、会津高田～西若松間がバス10本、西若松～会津若松間が列車3本・バス4本となっている。