JR九州は4月20日、熊本地震の影響で全線の運転を見合わせている九州新幹線について、新水俣（熊本県水俣市）～鹿児島中央（鹿児島市）間のみ本数を減らして再開する。残る博多～新水俣間は、新玉名～新八代間を中心に施設の被害が激しく、全線再開のめどはたっていない。
同社が4月19日に発表した運行計画によると、下りは新水俣発～鹿児島中央着の『つばめ』を6～23時台に15本運行。他に川内発～鹿児島中央着の『つばめ』を6時台に1本運行する。上りも鹿児島中央発～新水俣着の『つばめ』を6～23時台に15本、鹿児島中央発～川内着の『つばめ』を23時台に1本、それぞれ運行する。
国土交通省や運輸安全委員会などがこれまでに発表したところによると、九州新幹線は4月14日夜に発生した地震で、熊本駅から車両基地の熊本総合車両所に向けて走っていた回送列車が6両全て脱線。さらに16日未明の地震により施設の被害も拡大している。
新玉名～熊本間では防音壁の落下や固定ボルトの浮き上がりが発生。高架橋柱のひびや調整桁のずれも確認された。このほか、沿線の煙突が倒れて線路をふさいだという。熊本駅では防風スクリーンや可動式ホーム柵、エスカレーターの一部が壊れた。
熊本～新八代間では、スラブ軌道の損傷、締結ボルトの破損、防音壁の落下、調整桁のずれ、高架橋柱のひびなどの被害が発生している。また、車庫への回送線の軌道にゆがみが発生しており、熊本総合車両所構内では路盤損傷、熊本保守基地では天井クレーンの落下が確認されている。新八代駅ではホーム桁が損傷した。
