JR九州は4月21日、熊本地震の影響で運転を見合わせている区間のうち、鹿児島本線熊本～八代間の運転を13時に再開した。ただし一部の区間で徐行しており、本数を減らしての運転となっている。
同区間の再開により、鹿児島本線は門司港～八代間と川内～鹿児島間の全線で運転を再開。鹿児島本線から経営分離された八代～川内間の肥薩おれんじ鉄道線や、九州新幹線の新水俣～鹿児島中央間も既に運転を再開している。この結果、福岡県から熊本県を経て鹿児島県に至る鉄道ルートは、とりあえず在来線によって確保された格好となった。
4月21日18時までにまとめた、熊本地震の影響による運休区間は以下の通り。総延長は400kmを割って393.0km（営業距離ベース）まで減少した。ただし、運転を再開している区間の一部では徐行運転を実施しており、列車の遅れも発生している。
●JR線
JR九州 九州新幹線 博多～新水俣 194.1km
JR九州 豊肥本線 肥後大津～豊後竹田 65.4km
JR九州 肥薩線 八代～吉松 86.8km
JR九州 三角線 宇土～三角（※全線） 25.6km
●私鉄・公営・第三セクター
熊本電気鉄道 菊池線 上熊本～北熊本 3.4km
南阿蘇鉄道 高森線 立野～高森（※全線） 17.7km
