災害による鉄道路線の長期運休区間は、6月末時点で515.7km。5月末時点に比べ17.2km増えた。
6月下旬の大雨の影響により、西日本を中心とした鉄道路線で運転の見合わせが相次いだ。大半は既に再開しているが、呉線は須波～安芸幸崎間（広島県三原市）で線路脇の山の上部に亀裂が見つかったため、JR西日本は同区間を含む三原～忠海間17.2kmで運転を見合わせている。再開のめどはたっていないが、バスによる代行輸送が行われている。
このほか、長崎市内を走る長崎電気軌道の3号系統で6月2日、再び脱線事故が発生。同系統が通る桜町支線の長崎駅前～公会堂前間0.9kmでは、蛍茶屋行きの片方向のみ運転されている。
今月は、福島第一原発事故の避難指示区域を通る常磐線竜田～原ノ町間46.0kmのうち、小高～原ノ町間（福島県南相馬市）9.4kmが7月12日の避難指示解除に伴い再開する予定。熊本地震で被災した豊肥本線も、被害が少なかった阿蘇～豊後荻が7月9日に再開する予定だ。
