バニラエアは、顧客の都合で搭乗しない場合、官公署または空港の管理者が課す旅客・保安サービス施設使用料などの払い戻しに「諸税等払い戻し事務手数料」を設ける。
払い戻し事務手数料は1人1区間4000円。9月16日以降の予約・10月30日以降の搭乗分から適用する。
2016年9月16日以降に10月30日以降の搭乗分を予約した場合、旅客・保安サービス施設使用料払い戻しには事務手数料を要求する。事務手数料が旅客・保安サービス施設使用料の払い戻し額を超える場合には払い戻しはない。
事務手数料が旅客・保安サービス施設使用料の払い戻し金額を上回る場合、その差額は徴収しない。事前のコミコミ運賃のキャンセル、香港における法令により香港ドル払いの香港発路線は事務手数料課金の対象外となる。
9月16日以降に10月29日以前の搭乗分を予約すた場合、旅客・保安サービス施設使用料の払い戻しには事務手数料はかからない。払い戻しは航空券に記載された搭乗日から30日以内の手続きが必要。
