台風9・10号の影響による鉄道路線の運休区間のうち、JR東日本の釜石線と三陸鉄道の北リアス線は9月3日の初発から全線再開する。JR東日本の山田線は茂市～宮古間で運転を再開するが、臨時ダイヤでの運転になる。
JR北海道は、9月3日18時頃までに函館本線の運転を全線再開する予定。石北本線は10月中旬頃の全線再開を目指している。それ以外の区間は復旧のめどが立っていない。2015年の災害で長期運休している日高本線の鵡川～様似間でも、橋りょうの流失など新たな被害が発生している。
9月3日5時までにまとめた運休区間は以下の通り。これ以外にも一部の列車を運休しているなど、混乱が続いている路線がある。
●JR北海道
日高本線 苫小牧～鵡川
※鵡川～様似間は2015年の災害で運休中
函館本線 新函館北斗～長万部・大沼～渡島砂原～森
※9月3日18時頃再開予定
函館本線 長万部～蘭越
※9月3日13時頃再開予定
根室本線 富良野～新得～池田
石勝線 新夕張～新得
石北本線 上川～白滝
釧網本線 東釧路～知床斜里
●JR東日本
山田線 川内～茂市
※上米内～川内間は2015年の災害で運休中
※宮古～釜石間は2011年の再開で運休中
●西武鉄道
多摩湖線 萩山～西武遊園地
※9月6日初発から再開予定
