事故・災害による鉄道路線の長期運休区間は、7月末時点で488.2kmだった。九州北部豪雨の影響で日田彦山線と久大本線の一部が不通に。運休距離は31.6km増えた。
日田彦山線は添田（福岡県添田町）～夜明（大分県日田市）間の63カ所で、土砂流入など大きな被害が確認されている。バスによる代行輸送は、久大本線への乗り入れ区間を含む大行司～日田間で実施。添田～大行司間は代行輸送が行われていない。
久大本線は光岡～日田間（日田市）にある花月川橋りょうが倒壊し、同区間でバスによる代行輸送が行われている。JR九州は2018年夏頃をめどに復旧させる方針を示している。
このほか、東日本大震災の影響で運休中の区間のうち、常磐線竜田～富岡間が10月21日に再開することが決まった。
