WILLER TRAINS（京都丹後鉄道）は9月23日の初発から、宮津線（宮舞線）宮津～栗田間の運転を再開した。JR九州の日豊本線も佐伯～市棚間が9月25日の初発から再開した。台風18号の影響で運休中の区間は豊肥本線三重町～中判田間と日豊本線臼杵～佐伯間の2線2区間になった。
宮津線は台風18号の影響で9月17日午後から全線で運休。9月19日には西舞鶴～栗田・宮津～網野・小天橋～豊岡の3区間が再開。9月20日は網野～小天橋間が再開した。残る宮津～栗田間は土砂流入の被害が発生していたが、このほど復旧工事が完了し運転を再開した。
日豊本線は冠水（臼杵・津久見・佐伯各駅）や土砂流入（臼杵～津久見・津久見～日代・狩生～海崎各区間）、道床流出（津久見駅）などの被害が発生。臼杵～市棚間が運休していた。9月25日の初発から佐伯～市棚間が運転を再開し、運休区間が臼杵～佐伯間に縮小された。豊肥本線の三重町～中判田間は引き続き運休している。
