台風21号の影響により、10月25日も各地の鉄道路線が引き続き運休している。
JR西日本は湖西線や紀勢本線（きのくに線）などの運転を再開したが、舞鶴線は梅迫（京都府綾部市）～真倉（舞鶴市）間で土砂崩壊が確認されたため、引き続き同区間を含む綾部～東舞鶴間の運転を休止。バスによる代行輸送を行っている。このほか、関西本線の亀山～加茂間でも運転を見合わせている。
南海電気鉄道は、南海本線樽井～尾崎間と高野線高野下～極楽橋間で引き続き運転を見合わせており、高野線に接続している鋼索線（高野山ケーブル）も運休中。代行バスは南海本線樽井～箱作間と高野線・高野山ケーブルの橋本～高野山間で運転している。
南海本線は樽井～尾崎間の男里川橋りょう（大阪府泉南市・阪南市、全長93.57m）で橋脚が傾き、桁上のレールがゆがんだ。この区間は今から120年前の1897年11月に単線で開業し、今から99年前の1918年12月に複線化された。レールがゆがんだのは1918年の複線化で建設された下り線。高野線も上古沢駅（和歌山県九度山町）付近で土砂流出が発生した。
南海電鉄は「当該橋脚の基礎部分や山斜面の土壌調査を継続して行い、関係先と協議のうえ、一刻も早い現場復旧を目指してまいります」としているが、具体的な再開時期は明らかにしていない。
10月25日15時30分から16時30分までに確認された、台風21号の影響による運休区間は以下の通り。
●JR東日本
飯山線 飯山～戸狩野沢温泉
●JR東海
紀勢本線 多気～三瀬谷 ※10月25日19時頃再開見込み
●JR西日本
関西本線 亀山～加茂
舞鶴線 綾部～東舞鶴
●近畿日本鉄道（近鉄）
生駒線 東山～王寺
●南海電気鉄道
南海本線 樽井～尾崎
高野線 高野下～極楽橋
鋼索線（高野山ケーブル） 極楽橋～高野山
●小湊鉄道
小湊鉄道線 上総牛久～里見
●近江鉄道
本線（水口・蒲生野線） 日野～水口
●WILLER TRAINS（京都丹後鉄道）
宮津線（宮舞線） 西舞鶴～四所 ※10月27日復旧予定
