台風21号で運転見合わせとなった鉄道路線のうち、JR線は飯山線と紀勢本線で全線の運転が再開された。関西大手の近畿日本鉄道（近鉄）は生駒線の全線で運転を再開した。
JR西日本は引き続き、関西本線亀山～加茂間と舞鶴線綾部～東舞鶴間の運転を見合わせている。このうち関西本線は、加太～中在家信号場間（三重県亀山市）で線路脇の亀裂と盛土の法（のり）面崩壊が発生。大河原（京都府南山城村）～笠置（笠置町）間でも土砂が流入した。
JR西日本は「（加太～中在家間は）調査の結果、さらに崩壊する恐れがある」とし、10月27日以降も亀山～加茂間の運転を見合わせる方針。このうち柘植～加茂間は11月上旬の再開に向け調整中という。バスによる代行輸送は「輸送力の確保状況によりその都度決定いたします」としており、10月26日10時時点で代行バスは運行されていない。舞鶴線は綾部～東舞鶴間で代行バスが運行されている。
関西大手の南海電気鉄道は、南海本線樽井～尾崎間と高野線高野下～極楽橋間、鋼索線（高野山ケーブル）極楽橋～高野山間で、引き続き運転を見合わせ。運休区間より広い樽井～箱作間と橋本～高野山間で代行バスを運行している。特急は南海本線『サザン』が運転を見合わせており、高野線『こうや』も橋本～極楽橋間のみ運転を見合わせている。
小湊鉄道線は上総牛久～上総川間間（千葉県市原市）で築堤が崩壊。同区間を含む上総牛久～里見間でバスによる代行輸送が行われている。近江鉄道は本線（水口・蒲生野線）の日野（滋賀県日野町）～水口松尾（甲賀市）間で土砂流入が発生したことから、同区間を含む日野～水口間の運転を見合わせ。バス（7～19時）とタクシー（6～7時・19～23時）による代行輸送を行っている。
WILLER TRAINS（京都丹後鉄道）の宮津線（宮舞線）は、西舞鶴～四所間（京都府舞鶴市）で法面崩落が発生し、同区間でバスによる代行輸送が行われている。10月27日に復旧の予定だ。
