JR四国では、梅雨前線の停滞による大雨災害のため、7月17日から愛媛県内の予讃線八幡浜～宇和島間でバス代行輸送を開始した。
予讃線は7月17日の時点で伊予市～伊予長浜～伊予大洲間と八幡浜～宇和島間で運行を見合わせており、伊予市～伊予大洲間では列車の本数を大幅に減らして内子駅（愛媛県内子町）経由で運行している。
そのため、松山～宇和島間で運行している特急『宇和海』のうち、下りの『宇和海7・11・17・21・27・33号』、上りの『宇和海8・12・20・22・28号』の計11本が当面の間運休となる。
また普通列車は、松山～伊予市間で下り5本・上り4本、伊予大洲～八幡浜間で下り9本・上り5本が運休となる。
なお、伊予大洲～八幡浜間では、八幡浜19時発伊予大洲行きと伊予大洲22時51分発八幡浜行きの臨時列車が運行される。
愛媛県内では、予讃線のほか北宇和島駅（愛媛県宇和島市）から分岐している予土線も大雨の影響で運転を見合わせているが、7月20日から予讃線伊予市～伊予大洲間とともにバス代行輸送を開始する予定だという。
このほか、平成30年7月豪雨関連では、始発駅基準で7月18日から東京～高松間の特急『サンライズ瀬戸』が運行を再開する予定。
7月7日から運行を中止していたJR西日本のクルーズトレイン『TWILIGHT EXPRESS 瑞風』は、山陰コースに限り7月18日出発分から再開。
JR九州では、肥薩線八代～人吉間が7月19日に運行を再開する予定。
