石井啓一国土交通大臣は6月4日に開催された定例会見で、6月1日に新交通システムの金沢シーサイドライン新杉田駅（横浜市磯子区）で発生した逆走事故に関する対応に言及した。
この事故は、折返し駅となる新杉田駅で自動列車運転装置（ATO）の地上装置から進行方向を切り換える指示が出ていたにも拘わらず、車両が方向を変えずに車止めに衝突したもの。
金沢シーサイドラインでは事故直後から運行を見合わせ、6月4日11時頃から異常の発生が想定されるATOの使用を止め、自動列車制御装置（ATC）による運転士が乗務しての手動運転で運行を再開している。ただし、運転士確保の問題から運行本数は通常の65%程度に留まっている。
石井大臣は、自動運転での再開については「事故原因をまずきちんと究明して、再発防止策をきちんと講ずるということが前提」と述べ、金沢シーサイドラインを運営する横浜シーサイドラインに対しては原因究明と再発防止策の実施を指示するとともに、全国の鉄軌道事業者に対しても事故の周知や注意喚起を行なったという。
金沢シーサイドラインまた、自動運転を行なっている他の6事業者7路線については、原因が究明されるまで折返し駅での運転状況に注意することを指示したとしている。
国土交通省では、来たるべき人口減少社会に向けて鉄道事業でも運転士の確保や養成が困難になりつつあること、地方鉄道では経営環境が厳しくなりつつあることなどを考慮して、2018年12月に「鉄道における自動運転技術検討会」を立ち上げ、踏切などが設けられている一般的な鉄道路線における自動運転の技術的な要件を検討している。
今回の事故が、自動運転のあり方に影響を与えているか否かに対して石井大臣は「省力化により生産性の向上に資する自動運転の導入は重要な課題と認識しております」と述べ、今回の事故の状況などを踏まえて、安全確保を大前提にした検討を進めていく考えを示した。