5月4日に緊急事態宣言の延長が発表されたことを受けて、各鉄道事業者ではゴールデンウィーク後の運行計画見直しが相次いでいる。
JR東海では4月24日以降、東海道新幹線で臨時列車の運行を中止していたが、5月11日からは一部の定期列車に対しても減便し、『のぞみ』の運行本数を当面の間、1時間3本程度とする（山陽新幹線直通『のぞみ』は1～2本程度）。『ひかり』『こだま』については引き続きすべての定期列車を運行する。
JR九州では、5月11日から九州新幹線の運行計画を見直し、山陽新幹線と直通する『みずほ』『さくら』を1時間あたり1本程度の運行とする。ただし、運行間隔や停車駅の調整を図るために定期列車を運休し、臨時列車を設定する。また、線内運行の『つばめ』では、一部で運行区間の変更や運休などが実施される。
一方、大手私鉄では、小田急電鉄（小田急）が5月中の土休日、すべての特急ロマンスカーを運休すると発表。
九州新幹線6月6日にダイヤ改正を実施する東武鉄道（東武）では、JR直通列車や『TJライナー』を除く座席指定列車の切符について、改正日以降の運行分発売を見合わせるとしている。