JR九州は6月10日、西九州新幹線が開業する9月23日にダイヤ改正を実施すると発表した。
武雄温泉駅（佐賀県武雄市）と長崎駅（長崎県長崎市）を結ぶ西九州新幹線では、N700Sによる『かもめ』を1日47本運行。このうち、全線を走る列車は44本で、朝の通勤時間帯には新大村～長崎間の区間列車が3本運行される。
西九州新幹線関連の列車体系。
全線を走る列車のうち、途中、諫早駅（長崎県諫早市）のみに停車する最速達列車が7本、嬉野（うれしの）温泉駅（佐賀県嬉野市）を通過する速達列車が12本設定され、残る25本が各駅停車となる。最速列車は武雄温泉～長崎間を23分で結ぶ。
西九州新幹線の停車パターン。武雄温泉駅では在来線特急との対面乗換えが行なわれ、在来線では885系または787系による博多～武雄温泉間の『リレーかもめ』を運行。同駅には博多～佐世保間の『みどり』、博多～ハウステンボス間の『ハウステンボス』も乗り入れているが、新幹線と接続する列車はそれぞれ『みどり（リレーかもめ）』『ハウステンボス（リレーかもめ）』に改称される。また『みどり』は32本中10本が振子式の885系に置き換えられ、充当列車は現行より9分短縮される。
西九州新幹線の片道1時間あたりの列車運行イメージ。新幹線と在来線の乗継ぎにより、博多～長崎間は最速1時間20分、さらに山陽新幹線との乗継ぎで新大阪～長崎間は最速3時間59分で結ばれ、それぞれ現行より30分の短縮となる。
一方、西九州新幹線の並行在来線となる江北（現在は肥前山口）～諫早間は、新幹線開業から23年はJR九州が第二種鉄道事業者として運行を行なう上下分離方式での運行となり、肥前鹿島駅（佐賀県鹿島市）までは佐賀県の県鳥を愛称にした特急『かささぎ』を新設。博多～肥前鹿島間に上下各7本が設定される。ほかに博多～佐賀間にも上り2本・下り1本が設定され、一部列車は門司港、小倉発着で運行。783系、787系、885系が充当される。また、普通列車では江北～肥前鹿島間に上下各3本が増発される。
並行在来線区間の運行体系。肥前浜～諫早間は非電化区間化。小長井駅から長崎、佐世保方面へはハイブリッド車のYC1系も運用される。このほかの線区では、鹿児島本線の北九州・福岡ローカルで運行体系の見直しが行なわれ、区間快速の快速区間見直しや、日中時間帯（10～16時）の快速運転中止などを実施。肥薩線の観光列車だった『かわせみ やませみ』は豊肥本線へ転用され、熊本～宮地間での運行となる。
令和2年7月豪雨で肥薩線での運用を失なっていた観光列車の『かわせみ やませみ』だが、改正後は豊肥本線へ転用され、熊本に戻ってくる。
