JR東日本秋田支社は9月28日、8月の大雨により運行を見合わせている奥羽本線・鷹ノ巣～大館間を10月8日頃から再開すると発表した。
同じく大雨の影響で運行を見合わせている同支社管内の五能線・岩館～鯵ヶ沢間のうち、岩館～深浦間については年内の再開を目指すとしているが、深浦～鯵ヶ沢間については見通しが立っていない状況が続いている。
このほか、台風14号の影響で運行を見合わせているJR九州の久大本線・豊後森～由布院間、肥薩線（吉松～隼人）、吉都線（吉松～都城）、日南線・南郷～志布志間は、久大本線が9月27日から（10月上旬再開予定）、肥薩・吉都・日南の各線が9月26日からバスによる代行輸送を開始している。
同じく台風14号で被災していた指宿枕崎線は9月27日に全線再開している。
