98年に登場して、大排気量コーナリングマシンというジャンルを一気に華開かせた『YZF-R1』が4年目にしてフルモデルチェンジ。
スタイルは一目でR1と判る個性を継承しつつ、鋭く、アグレッシブに変身。ライバル他車が乗り易さを重視する中で、R1のみが「高速域重視」の姿勢で開発されている。
水冷並列4気筒のエンジン回りは、ハイシリコンアルミスリーブ、軽量化された排気バルブ、新採用フュエルインジェクション、2軸式に変更された排気デバイス『Exup』、エアクリーナーの空気導入口の見直しなどにより、とくに高回転域での特性が向上。出力自体も110kW（150ps）から112kW（152ps）へと向上している。
車体はディメンション、素材、すべてが見直されている。『デルタボックスIII』へと進化したフレームは、ねじれ剛性約30％アップを実現。フロントフォークインナーチューブ径はφ41mmから43mmに。アルミロングスイングアームは非対称型で新設計。剛性アップを図るとどうしても重くなってしまうものだが、LCDテールランプ、チタンエキパイ、チタンサイレンサー、新デザインウインカー、そして徹底した軽量化により、乾燥重量は1kg減の174kgを達成している。
